饮水机在使用时，从龙头中放出多少容积的水，就会从周围环境中补充等量的空气，通过饮水机进气孔进入桶装水中。
“燕京”介绍，空气中的尘埃、细菌、藻类等在水、气交换过程中被带入饮水机及空桶，同时一些小昆虫如蟑螂、蚊子、苍蝇等通过饮水机进气孔进入温暖潮湿的储水罐，甚至在水气交换时被倒吸入桶内，造成对桶装水的污染。
若饮用矿泉水、泉水等含有钙镁离子的桶装水时，加热后钙镁离子易形成碳酸盐，依附在加热管和水嘴上，形成水垢，如不及时清洗，容易堵塞水嘴或降低发热管效率。
因此要合理使用饮水机，定期清洗、消毒，才能有效防止二次污染，达到健康饮水的目的。
